1、作用机理不同。草甘膦是一种有机磷类内吸型除草剂，主要通过抑制植物内部有关酶的活性，干扰氨基酸的代谢，进而影响蛋白质的合成，最终导致植物死亡；百草枯是一种速效触杀型灭生性除草剂，对植物绿色组织有很强的破坏作用，喷洒后2到3个小时即可见效，但它没有内吸传导作用，只能杀死着药部位的植物组织，对植物根部和土壤内潜藏的种子无效，因此施药后杂草可能再生。2、毒性不同。草甘膦误服情况下，可能导致头晕恶心、四肢无力、喉部疼痛等症状，严重时甚至致命；百草枯的毒性更强，误服几毫升即可致命，且无特效解毒药，中毒症状包括多器官衰竭、肺部纤维化、呼吸衰竭等，非常痛苦。