1、对环境条件要求高：产甲烷菌需要在缺氧的环境中生长，同时对温度、pH值等环境条件也有一定要求，这就需要在培养和利用产甲烷菌时进行严格的环境控制和调节。2、底物选择性强：产甲烷菌只能利用特定的有机废弃物进行发酵过程，对底物的类型和浓度非常敏感，如果底物的类型或浓度不合适，产甲烷菌的生长和代谢就会受到影响。3、生长周期长：产甲烷菌的生长和代谢需要一定的时间，生长周期相对较长，这就需要对其生长周期进行控制和调整，以确保其生长和代谢的正常进行。