1、申报人的身份不同：扣缴义务人申报是由扣缴义务人（如任职单位）进行的申报方式，综合所得年度自行申报是由纳税人自行进行的申报方式。2、申报的内容不同：扣缴义务人申报中，扣缴义务人会按照税法规定，每月帮助纳税人预扣预缴税款，并在纳税人领取工资时对其子女教育专项附加扣除等进行预扣，这种方式允许纳税人及时享受到减税福利，因为税款已经在每月的工资中预先扣除，综合所得年度自行申报，纳税人在每个纳税年度结束后的次年，需要自行完成个税申报工作以享受税收优惠，这种方式适用于个人所得的来源较为复杂或收入不稳定的情况，需要纳税人自行核算应纳税额。