1、土地性质不同：自建房可以分为农村集体用地宅基地自建房和国有土地拍得后的自建房；非自建房符合上市进行交易的则是国有土地的出让。2、报建审批程序不同：非自建房的土地要经过拍卖的方式，并获得政府的审核以后才可以建房。而自建房要得到村里的人同意，再到备案部门进行备案以后才可以建房。3、概念不同：非自建房其实就是指经政府有关部门的批准，由房地产开发经营公司向政府机关单位租用土地使用权期限40年、50年、70年开发的房屋，建成以后一般会用于市场出售出租的房屋，其中包括了住宅、商业用房以及其他建筑物。一般非自建房又会被称为“大产权房”。而自建房则是泛指拥有自有土地的单位和个人，自己组织并且再通过雇佣他人进行施工，而建造的房屋以及建筑，注意不能够在城镇规划区外或建设用地范围建房。