学校现有研究生学院、基础医学院、临床学院、第二临床学院、儿科学院、中医药学院、公共卫生学院、管理学院、药学院、口腔医学院和护理学院11个学院和6个系（部），还设有一所卫生学校。学校目前开设了46个本科专业及专业方向，涵盖了临床医学、临床医学（儿科医学方向）、口腔医学、医学检验等多个领域。值得一提的是，重庆医科大学在医学教育领域有着卓越的表现。1997年，学校经教育部批准开始招收临床医学7年制本硕连读学生，至今已经招收了12届学生，已有7届学生毕业。这种长学制教育模式，不仅为学生提供了更为全面的医学教育，也为他们未来的职业发展奠定了坚实的基础。