到了神奇宝贝超世代，城都联盟篇结束后，小智带着皮卡丘再次踏上征程。这一次，他带着以新人的心态继续学习的心态，前往丰缘地区。在那里，他结识了新人训练家小遥及其弟弟小胜。不久后，小刚也重新加入他们的行列，四人一同展开了一场全新的冒险之旅。神奇宝贝钻石与珍珠的故事紧随对战开拓区篇的结束。小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛，与小智告别。在好友小茂的鼓励下，小智带着皮卡丘和一只偷渡来的长尾怪手，前往神奥地区，迎接新的挑战和机遇。神奇宝贝超级愿望则引领观众进入了合众地区这一新的冒险舞台。小智和皮卡丘在这里再次踏上旅程，开启了新的探险和战斗。