近代唯物主义认为物质的根本形式是原子，这些原子是构成世界的最基本单元，它们的特性即为物质的特性。这一理论为物理学家们提供了研究物质世界的基础，但同时也带来了许多局限性。机械性是近代形而上学唯物主义的一个显著特征，它强调物质运动的规律性和可预测性，忽视了物质运动的复杂性和多样性。这种观点导致了对现实世界的机械解释，无法解释自然界中出现的复杂现象。此外，近代形而上学唯物主义在历史观上也存在局限性，它倾向于将历史进程视为一种机械的、直线式的进程，忽视了人类社会的复杂性和多样性，以及历史进程中人们主观能动性的体现。因此，尽管近代形而上学唯物主义在物质世界的认知上取得了重大进展，但其机械性、形而上学性和历史观上的唯心主义倾向，使得这一理论存在一定的局限性，为后续的哲学发展提供了反思的基础。