选择培养基是另一种常用的检测方法，其作用在于允许特定种类的微生物生长，同时抑制或阻止其他微生物生长。例如，使用尿素作为唯一氮源的培养基能够培养出可合成脲酶的微生物；而在酸性培养基中，霉菌的生长繁殖会受到抑制，细菌的生命活动则会受到抑制。选择培养一般通过观察微生物的同化作用类型或某一特征进行间接判断，得到的微生物往往并不只有一种，但能够大致确定这些微生物存在的共有特征，从而对其分类。鉴别培养基则是根据微生物的代谢特点，在培养基中加入某种指示剂或化学药品。例如，在水质检验中，大肠杆菌的检验就是使用伊红—美蓝试剂，该试剂与水或乳制品中的大肠杆菌反应会出现深紫色且带有金属光泽，这是大肠杆菌的特征反应。与选择培养相比，鉴别培养基的鉴别所得结果的范围比较小，一般可以直接测定某微生物的种类。