第一分公司负责渭河控制中心的运营管理，主要涵盖1、2、3号线，这些线路是西安地铁的重要组成部分，负责连接城市的主要区域，承担着大量的人流运输任务。第二分公司由长鸣路控制中心管理，负责7、8、11、12、15号线的运营，并且预留了一条线路。这些线路可能属于地铁运行的三级系统，或者长鸣路控制中心的五条线路本身就是运行三级的一部分。这一分公司的线路覆盖范围广泛，有助于未来进一步扩大地铁网络。第三分公司由渭河南控制中心负责，主要运营14号线。目前，这条线路暂时属于陕铁机场城际，但未来将融入西安地铁系统，并预计将被归类为运行一级。