在发现抗核抗体后，必须明确是哪一种类型，因为不同的抗体与不同疾病相关联。有些抗体是某种疾病特有的，而有些抗体，如抗RNA抗体，与疾病的活动性无关。然而，有些抗体，如抗双链DNA抗体，与疾病的活动性密切相关。除了风湿性疾病，某些感染性疾病、肝病、结核病等也可产生抗核抗体，但通常滴度较低。正常人和老年人也可能会有低滴度的抗核抗体。抗核抗体常用于诊断弥漫性结缔组织病，如抗双链DNA抗体对系统性红斑狼疮有较高的特异性；抗J0-1抗体对诊断多发性肌炎或皮肌炎有特异性；抗ScL-70抗体对诊断硬皮病有特异性；抗Sm抗体是系统性红斑狼疮的特异性抗体。此外，抗双链DNA抗体与系统性红斑狼疮的活动性密切相关，因此在观察病情变化和调整用药时，常常需要检查抗核抗体。