常用的苦瓜嫁接砧木包括：(1)黑籽南瓜，它是一种半野生的葫芦科植物，与苦瓜的嫁接亲和性及共生性良好，嫁接成活率通常超过90%。其嫁接稳定性强，嫁接苗定植后生长旺盛，环境变化对其影响较小，不易发生徒长，管理相对简单。黑籽南瓜耐低温，当地温降至10℃左右或气温降至6～10℃时，其根系仍保持一定吸收能力，嫁接植株较少受低温危害。此外，它对苦瓜枯萎病有很高抗性，对苦瓜根结线虫病也有一定抗性，且不会对苦瓜果实产生不良影响。黑籽南瓜砧木主要适用于北方地区保护地苦瓜嫁接栽培。还有如金刚铁甲、全能铁甲、新土佐、勇士等南瓜砧木，也适用于与苦瓜嫁接。(2)丝瓜，其根系比苦瓜更发达，再生能力和吸收能力强，对苦瓜枯萎病有高抗性。丝瓜与苦瓜的嫁接亲和性及共生性良好，嫁接成活率一般达90%以上，稳定性强，嫁接苗定植后生