杭州医学院在学科建设方面取得了一定的成就。根据2018年6月学院网站的信息，学院拥有浙江省一流学科（B类）建设项目4个，浙江省医学重点学科12个，浙江省医学重点建设学科（扶持发展学科）1个，以及一级学科硕士学位授予点3个。在师资力量方面，杭州医学院拥有临安、滨江两个校区以及黄龙、青山湖、滨康三个科教中心，占地面积共计754亩，校舍建筑面积达到38万平方米。教学科研仪器设备总值为3.1亿元。学院开设了15个本科专业和11个高职（专科）专业，共有在职教职员工800余人。