公司关于扣减迟到员工工资的决策并非必然违法，但同样需遵守合理合法的准则。从法律层面而言，企业可设定内部规则以约束员工行为，扣工资的条款也需遵循公正合理、法度严明的原则。若扣除后收入低于法定最低薪资水平，或罚款力度过重，失去合理性，将有违法之嫌。另外，公司在制定此项政策时，必须经过民主程序，如与工会或职工代表进行平等协商，并向全体员工公布或通知。总的来说，判定公司扣发迟到工资是否违法，需要全面考虑罚款的程度、流程及是否违背最低工资标准等多方面因素。