复合肥主要由无机盐构成，这些盐类通过渗透压抑制微生物生长，甚至直接杀灭微生物。虽然芽孢杆菌的休眠体芽孢具有很强的抗逆性，但盐类会抑制芽孢的萌发与生长。枯草芽孢杆菌不是嗜盐微生物，因此在高盐环境下难以生存。此外，芽孢杆菌是异养微生物，需要有机物来提供能量、碳源和氮源。在缺乏有机物的条件下，芽孢杆菌的生长繁殖会受限，进而无法发挥其功效。虽然枯草芽孢杆菌不能直接与复合肥混用，但这并不意味着它们不能一起使用。在施用时，必须确保有充足的有机质。同时，复合肥的浓度也需要控制在一定范围内。例如，粉状复合肥与有机肥、芽孢杆菌混合时，氮磷钾总养分不应超过15%。而对于颗粒复合肥，则不应超过25%。