该学校自2017年率先在中医学专业开展“院院合一”医教协同人才培养模式改革试点工作，按照“2+3分段式”培养模式，使学生课堂理论知识与临床技能操作更加紧密的衔接，提高学生的动手能力和实践能力，落实“早临床、多临床、反复临床”的实践教学目的。安徽中医药大学前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省人民政府批准成立安徽中医学院。2011年，在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。