自成立以来，云南省医药有限公司一直承担着云南省人民政府指定的政府医药储备任务。公司进行了全面的改革整合，于2002年2月成立了全新的云南省医药有限公司。公司扎根于云南，构建了覆盖全省的销售配送网络，形成了第一、第二、第三终端全线突破和商业分销并行的架构。公司的信息系统覆盖了采购进货、物流配送、质量管理、销售业务、财务管理、客户服务等多个方面，实现了经营数据的无缝对接和业务流程的便捷高效，并将信息化应用延伸至对供应商和客户的服务。2011年10月，公司随白药集团整体搬迁至呈贡新园区，占地面积200亩。