东院坐落于浦东陆家嘴金融贸易区内，于1999年10月投入运营，占地面积为86，875平方米，建筑面积达206，859平方米。西院位于黄浦区中央商务区，紧邻外滩，占地面积7，811平方米，建筑面积31，959平方米。南院在建中，位于闵行区浦江镇，紧邻世博家园，占地面积68，497平方米，建筑面积82，590平方米。目前，南院的临时门诊部已经开业。北院也在建设中，位于巨野路灵山路，占地面积6，667平方米，建筑面积17，350平方米。上海市肿瘤研究所位于斜土路，总建筑面积7，523平方米，内设肿瘤流行病学研究室、癌基因与相关基因国家重点实验室，以及十三个课题组。