港澳通行证办理流程如下：1.提交申请申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。2.数码照相申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照(亦可在认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。3.采集指纹申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹(左右手大拇指)，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。4.受理申请工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人(如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明)。5.缴纳费用申请人到指定窗口缴纳及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。