两者的区别。1、性质不同。棚户区，指城市建成区仍然存在的、属于棚户区性质的区域。其范围内，既有国有土地性质的房屋，也有集体土地性质的房屋。城中村，它的土地使用权性质为集体土地，居民户籍是农村户口。2、性质的不同，拆迁补偿差异。因棚户区，位于城市规划区内，因此不论是国有土地上的房屋，还是集体土地上的房屋，在实践中，往往依照国有土地上房屋征收补偿的标准，进行补偿。城中村的建筑，大多建设在自家的宅基地上，有着完整的土地使用权和部分房屋产权。其在城中村改造项目中，其村民往往能够得到较多的补偿。方式依各地的不同，可有：产权置换、货币补偿及二者结合三种。法律依据。《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》。