办理慢性病卡不影响住院治疗的报销。住院治疗报销使用医保卡就可以。需要看具体的疾病和医院 ，一般情况下正常报销住院费用。慢病卡报销最新政策如下：1、慢性病起付标准：300元。2、慢性病报销比例：按低档标准缴费的成年居民报销比例为50%；未成年居民和按高档标准缴费的成年居民报销比例为60%。3、恶性肿瘤放化疗、尿毒症透析治疗、组织器官移植术后服抗排异药门诊治疗费用报销不设起付线，按低档标准缴费的成年居民报销比例为70%，未成年居民和按高档标准缴费的成年居民报销比例为80%。4、尿毒症透析治疗、组织器官移植术后服抗排异药年度费用报销限额标准：按低档标准缴费的成年居民限额为6万元。未成年居民和按高档标准缴费的成年居民限额为8万元。