1.气候条件不利：高温高湿的气候会导致穗上发芽。成熟度高的种子发芽率通常更高，而未充分成熟的种子休眠深，不易发芽。2.收获时间不当：过早或过晚收获的种子会影响发芽率。早收的种子未成熟，晚收的种子易在晾晒和加工过程中受损或发霉。3.收获和晾晒处理不当：收获后未及时薄摊、翻晒的种子易发蒸、发霉，影响发芽率。4.机械损伤：在收割、脱粒和加工过程中，易脱壳成糙米的种子损伤严重，发芽率低。5.含水量过高：入库种子含水量超过标准，导致呼吸旺盛，易发霉、生虫，降低发芽率。6.病虫害影响：病虫害损伤植株功能叶片，减少种子营养，降低种子饱满度和生活力。二、提高水稻种子发芽率的措施。1.选种和处理：选择适宜品种，晒种、选种、浸种和消毒，确保种子质量。2.适宜的播种期：根据气候条件，确定合适的播种期。