花序是文山红柱兰的另一个引人注目的特征，花葶明显比叶短，长度在32至39厘米之间，有时略微弯曲。总状花序包含3至7朵花，花苞片呈三角形，体积较小。花梗和子房的长度可以达到5厘米，花朵较大，即使不完全开放，也能散发出淡雅的香气。花瓣和萼片都是白色的，背面有时略带淡紫红色，尤其是唇瓣，其白色背景上分布着深紫色或紫褐色的条纹和斑点，随时间的推移颜色会变为淡红褐色。蕊柱顶端是红色的，而其余部分则是白色的，纵褶片通常是黄色的。