1.特效和技术应用：老版《神秘博士》的特效效果相对较差，而新版《神秘博士》采用了更先进的特效技术，打造出更为惊人的视觉效果，这成为其受欢迎的一个重要因素。2.剧情延续性：虽然老版《神秘博士》和新版《神秘博士》都有一定的剧情联系，但是新版直接延续了老版系列的剧情，并且在新版中，饰演博士的克里斯托弗·埃克斯顿虽然在新版《神秘博士》里面是第一任，但在官方设定中，他其实是第九任。3.故事结构和风格：新版《神秘博士》第一季至第四季的总编剧拉塞尔·t·戴维斯(Russell T.Davies)奠定了日后《神秘博士》剧集的基本格局，包括每季十三集，外加一部圣诞特别篇，每集一个单独成篇的科幻故事，同时由总编剧负责整季的故事主线，以及男性博士搭配女性伴侣的男女主角一起经历各种宇宙冒险的剧情设定。