《执行意见》基于《公司法》及相关外商投资法律，针对不同类型外商投资公司的治理结构提出了具体处理办法。对于中外合资、中外合作的有限责任公司，必须按规定设立董事会作为权力机构，其他组织结构则依据公司自治原则由公司章程规定。对于外商合资、独资的有限责任公司和外商投资的股份有限公司，其组织结构需符合《公司法》要求，建立健全公司内部组织架构。针对2006年1月1日前已设立的外商投资公司是否需要修改章程的问题，《执行意见》给予了公司自主选择的权利。如果决定修改章程，则需获得审批机关的批准，并向登记机关备案。这一政策的出台旨在进一步规范外商投资公司的治理结构，提升企业管理水平，确保外资企业在华运营更加合规高效。