公司扣除保底工资是否违法需视情况而定。原则上，若劳动合同已明确约定保底工资，且劳动者无违规行为及对公司不利因素，公司随意减扣保底工资显然违法国法律。然而，倘若劳动者存在过失，如严重干扰工作秩序，或因其自身原因给公司带来财务损失，公司依法依规予以扣除相应工资就是合理的。以劳动者财物损坏为例，只要公司能拿出充分证据证明，并且依据通过民主流程制定及公开的规章制度实行扣除，便极具说服力。因此，建议您仔细查阅劳动合同及公司规章制度，若发现公司违法扣除，首先应尝试与公司沟通解决，若无法达成共识，再向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。