公司对员工工作扣款的合法性不能以偏概全地进行评价。一般而言，若公司具备合法完善的规章制度，且该制度经过合理的民主程序制定，对员工充分展示或告知，员工已知晓并违反相关规定，此时公司依规扣款则可能并不违法。然而，若公司缺乏相应制度依据，或者制度本身存在法律瑕疵，抑或是扣款金额超出员工所致损失范围，那么此类扣款行为便可能构成违法。如员工因个人过失导致公司经济损失，公司可依照劳动合同约定要求其承担赔偿责任，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。总的来说，判定公司扣款是否违法需全面考虑诸多因素。