这些蘑菇房的结构设计非常巧妙，一般分为三层。底层通常用于饲养牲畜和堆放农具，中层则被打磨得十分平整，并隔成三部分，区域设有持续燃烧的火塘，为家庭提供温暖和光明。顶层被厚厚的泥土覆盖，不仅能够堆放物品，还有很好的防火效果。蘑菇房的屋顶设计独树一帜，有平顶的“土掌房”和双斜面或四斜面的茅草房两种形式。由于当地地形多为陡峭，缺少平坦土地，因此平顶房较为常见，这样的设计也方便在屋顶晾晒粮食，提高了空间的使用效率。蘑菇房的内部结构通常由主体房屋、前廊和耳房三部分组成。对于两层或三层的蘑菇房，其建筑设计更是充满艺术感：前廊与主体房屋的前墙相连，耳房则与主体房屋的一侧或两侧相接，前廊和耳房的顶部都是坚固的泥土平台，这不仅提供了休息和纳凉的地方，也便于晾晒农作物。