对于较小且无症状的肾囊肿，通常不需要立即治疗，只需定期复查，观察其变化情况。患者应定期进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年进行一次肾功能检查，以监测内生肌酐清除率等指标。若非必要，避免进行尿路创伤性检查，以减少感染风险。肾囊肿穿刺治疗的效果有限，不仅容易导致感染，复发率较高，长期观察还未能延缓肾功能损害的发生。手术切除囊肿并非易事，表面的囊肿可以切除，但深部囊肿则较为复杂。肿物较大或有恶变可能时，可进行手术探查，如证实为良性囊肿，可切除肾表面的囊壁，并用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂抹碘酊。一侧肾实质广泛破坏，而对侧肾功能正常的情况下，可考虑进行肾切除术，以避免进一步的肾脏损害。