松花江流域支流众多，除了嫩江，还有呼兰河、牡丹江等重要支流。其中，牡丹江因火山熔岩堰塞河道而形成了美丽的镜泊湖，并建有水电站。历史上，1932年的洪水曾侵入哈尔滨市，对当地造成影响。松花江每年的通航时间约为200天，哈尔滨以下地区可以通航千吨以上的江轮。冬季河流封冻，但江面冰厚，可通行汽车和牵引机，交通十分便利。从佳木斯以下，松花江、黑龙江和乌苏里江冲积形成了三江平原，地势平坦，湖泊沼泽分布广泛，已经成为中国重要的商品粮基地之一。全流域内有大大小小的水库超过1，800座，总蓄水量达到200亿立方米。其中，第二松花江上的丰满水电站拥有库容107亿立方米，装机容量高达554，000千瓦。