在少年武士的挑战中，小智的铁甲蛹进化为了巴大蝴，而小刚也加入了团队，小智得到了灰色徽章。小刚则在接下来的挑战中收服了超音蝠。接下来是美女四人组的故事，小智得到了蓝色徽章。百战百胜的小明则展现了他的实力。深山里的贵族学校之旅，小智收服了妙蛙种子和小火龙，杰尼龟军团登场时，小智又收服了杰尼龟。电击大对决中，小智得到了橙色徽章。超级油轮的战斗与海上漂流记，荒岛历险记，则让观众们跟随小智的脚步，体验了冒险的乐趣。“清保高”的假期后，巨大的精灵都市大袭击中，小霞得到了墨海马。在夏天出现的鬼精灵，以及巴大蝴的离队，都为故事增添了更多变数。凯西的超能力大决斗，以及在小精灵塔收服的幽灵，让观众们见识了更多神奇宝贝的力量。鬼斯通的对抗超能力故事，让小智得到了黄金徽章，而火爆猴则在决斗中离队。