在临床上，尿β2微球蛋白的水平变化往往提示了身体的某些状况。增高可能表明近端肾小管有损害，或存在自身免疫性疾病、恶性肿瘤、肝病、器官移植后的排斥反应或艾滋病等。此外，尿β2微球蛋白的升高还可能与急性或慢性肾小球肾炎、尿毒症、糖尿病、肾病、系统性红斑狼疮累及肾病变、肾盂肾炎、先天性Fanconi综合征、Wilson病或镉金属中毒等疾病相关。在一些情况下，摄入特定药物如庆大霉素、硝苯地平（心痛定）或妥布霉素也可能导致其水平升高。相反，如果尿β2微球蛋白水平降低，这可能与急性或慢性肾小球肾炎、肾病综合征等疾病有关。