虽然北大医学部和协和医学院都与北京大学有紧密的联系，但它们实际上是两个不同的教育实体。北大医学部作为北京大学独立建制的学院，拥有悠久的医学教育历史，自20世纪初便致力于医学教育的发展。它的历史经历起伏，但始终是北京大学医学体系的核心组成部分。与之不同，协和医学院的诞生源于原协和医学院与北京大学医学部的合并。这意味着协和医学院的背景和结构与北大医学部有所区别。然而，尽管名字相似，两个学院在教学、科研和治疗水平上均保持着高水平，特别是在国际上享有极高的声誉。