赤潮发生后，海水变成红色只是其中一种表现形式。大量赤潮生物集聚于鱼类的鳃部，使鱼类因缺氧而窒息死亡；赤潮生物死亡后，藻体在分解过程中大量消耗水中的溶解氧，导致鱼类及其它海洋生物因缺氧死亡，同时还会释放出大量有害气体和毒素，严重污染海洋环境，使海洋的正常生态系统遭到严重的破坏；鱼类吞食大量有毒藻类，也会受到伤害。同时海水的PH值也会升高，粘稠度增加，非赤潮藻类的浮游生物会死亡、衰减；赤潮藻也因爆发性增殖、过度聚集而大量死亡。