故事背景设定在一个美丽的小岛上——神海岛，这里曾有传说中的海底宫殿和两名为海盗的女性留下的宝藏。当柯南一行人前往神海岛度假时，他们发现了一群同样在寻找宝藏的探险者，这些人之间充满着诡异的氛围。一名探险者不幸遭遇鲨鱼袭击而亡，引发了连环杀人事件。柯南与灰原一起深入调查，试图揭开背后的真相。这次的故事发生在太平洋的一个孤岛上，柯南等人再次陷入离奇的杀人案件之中。《绀碧之棺》的标题似乎指向了神海岛，这个岛屿在冲绳群岛中有着悠久的历史。传说绀碧岛上曾居住着许多神仙，而昭和初期，岛上出生的孩子必须接受一种特殊的洗礼，即使短暂离岛，最终也会回归岛上。绀碧岛海底也有着一座神殿，这一系列的传说与神海岛的部分内容相互印证。从绀碧岛的传说来看，它与神海岛有着一定的相似之处，这为整个故事增添了许多神秘色彩。