故事讲述一颗流星在大气层中爆炸，导致空间不稳定，人界与妖界的平衡被打破，沉睡的妖精开始苏醒。大学生轩辕零的生活因此被意外介入，一位自称是妖界执法者的女性——蔷薇出现，并告知他是不凡的天命者。随着轩辕零身份的揭开，他被迫接受自己的命运，成为一名新一代阴阳师。他的生活因此被苏醒的妖怪们打扰，而一场跨越千年的阴谋也在命运的安排下逐渐浮出水面。在故事的开头，一个三十七八岁的男人在汽车站等待，他看似随意地坐在路灯下抽烟，实则在寻找目标。当一个穿着简单的T恤和泛黄牛仔裤的十七岁高中生——林凡出现时，男人故意与他相撞，并迅速逃离。然而，他偷窃的却是一叠用于祭祀的黄纸，而非他期待的财物。在匆忙中，他不仅失去了偷来的钱包，连自己原本的钱包也不见了。