繁殖数直接计数法包括计数板直接计数法，使用计数板和光学显微镜直接观察并计数微生物细胞。此方法的缺点是无法区分死菌与活菌，不适于对运动细菌的计数，需要相对高的细菌浓度，个体小的细菌在显微镜下难以观察。染色后活菌计数法则采用特定染色技术进行活菌染色，然后用光学显微镜计数，可分别对活菌和死菌进行计数。比例计数法是将已知颗粒浓度的样品与待测细胞浓度的样品混匀后，根据二者之间的比例直接推算待测微生物细胞浓度。过滤计数法适用于样品中菌数很低的情况，将一定体积的样品通过膜过滤器，然后将滤膜干燥、染色，并经处理使膜透明，在显微镜下计算膜上细菌数。Coulter电子计数器基于菌体与液体导电性不同，一个细胞通过小孔时，电阻增加，形成一个脉冲。菌丝长度的测量方法包括平板法和U行管法。