内战结束后，议会在1649年击败了查理一世，巴特勒在那一年与天主教联盟达成和解，并支持查理二世的复辟事业。他与新教保王派和天主教联盟结盟。然而，随着克伦威尔在1649年征服爱尔兰，巴特勒逃亡至巴黎，为查理二世提供顾问至1660年。在查理二世复辟后，巴特勒担任了财政和海军大臣，并在1662年成为爱尔兰总督，推动该国的工商业发展。然而，他在1669年因国王的不信任而离职，直到1677年再次获得信任，恢复爱尔兰总督职位，并在1682年被封为公爵。他的政治生涯充满波折，不时受到宫廷阴谋的影响。