首先由两家公司分别预扣预缴个税，两家公司再分别按照在各自公司取得的税前收入申报个税，单独应预扣预缴的个税。对于个人取得的工资薪金所得，按现行税法规定应由任职受雇单位按月预扣预缴，适用累计预扣预缴方法，年终并入综合所得进行汇算清缴。扣除情况包括基础费用扣除、专项扣除、专项附加扣除、汇缴清算扣除。基础费用扣除的方法；基础费用扣除（每月5000元），在预缴阶段两家公司可以在一家公司扣除，也可以同时享受扣除，但是综合所得基本费用扣除为6万/年，预缴个税时，但不能重复扣除，若是重复扣除就需要补税。专项扣除（三险一金）以及专项附加扣除只能选择在其中一家公司扣除。根据人力资源和社会保障部文件规定，个人不得同时。