违法。《中华人民共和国土地管理法》明确规定，基本农田是保障粮食安全和生态安全的重要农田资源，受到法律的保护。对于已确定的基本农田，禁止进行非农建设、非农占用和非农开发，将企业院内的土地使用为基本农田是违法的。此外，国家还加强了对基本农田的保护力度，对违法占用和破坏基本农田的行为进行了严厉的处罚。如果企业在院内占用了基本农田，属于非法行为，会面临行政处罚、经济罚款和强制恢复农田的处置措施。同时，相关政府部门也会进行追责，并要求企业恢复基本农田的功能。