允许在个人应纳税所得额中扣除。个人以灵活就业人员身份缴纳社保费，是否可以作为个人所得税专项扣除，取决于具体的税法规定。根据《财政部国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税的通知》（财税[2006]10号）第一条的规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省（自治区、直辖市）规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。个人以灵活就业人员身份缴纳社保费（包括基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费等）是可以在计算个人所得税时作为专项扣除的。具体操作时，个人可以根据税法规定