1、经营模式不同：京东自营是京东公司自己经营的店面，从品牌厂家进货到京东仓库，然后在京东平台销售给消费者；而京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品。2、发货方和收获时常不一样：京东自营使用京东物流，发货快；而京东官方旗舰店则是由品牌发货。3、仓储的区别：京东自营的产品都是储存在京东自己的仓储中心里面，而京东官方旗舰店的商品是储备于商家自己的仓库里面。4、销售模式不同：京东自营的模式是B2B和B2C，而官方旗舰店是B2C。5、总比来说京东自营店质量靠谱一点，统一的门质量强一点，官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品，品牌不一样，质量相比于自营店差一点。