1、性质不同：机关单位是行政单位；事业单位是国家基于公共目的成立的公共事业组织。2、编制不同：机关单位使用行政编制，其经费由国家行政经费负担；事业单位使用事业编制，其经费由国家事业经费负担。3、含义不同：机关单位是国家为行使其职能而设立的各种机构，专司国家权力和国家管理职能的组织；事业单位是由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。机关单位：指国家机关，指从事国家管理和行使国家权力的机关。包括国家元首、权力机关、行政机关、审判机关、公安机关、检察机关和军事机关。