亚甲基蓝和硝化细菌是可以一起使用的。亚甲基蓝是一种常用的鱼药，主要用于治疗鱼类的一些细菌感染，低浓度的亚甲基蓝溶液对硝化系统的影响较小，不会彻底杀灭硝化细菌，因此可以在必要时用于治疗鱼病。在使用亚甲基蓝时，先关闭过滤器一段时间，以避免药物被过滤系统循环带走，降低药效使用后，待药物分解完毕，水质恢复正常后再开启过滤系统，让硝化细菌继续发挥作用，亚甲基蓝和硝化细菌可以同时使用，但需要在兽医或水族专家的指导下谨慎操作，以确保既能有效治疗鱼病，又不损害水族箱的硝化系统。