1、细胞壁：酵母菌的细胞壁不如细菌细胞壁坚韧，有的菌壁厚度随菌龄增加。电镜下细胞壁呈“三明治”结构。2、细胞质膜：酵母菌的细胞质膜与细菌的细胞质膜基本相同，但有的酵母菌如酿酒酵母的细胞质中含有甾醇，尤其以麦角甾醇居多。经紫外线照射后，可形成维生素D2。细胞膜中含甾醇的性质是真核生物与原核生物的重要区别之一。3、核：具有用多孔核膜包着的细胞核。核通常位于细胞，但由于酵母菌细胞质中液泡的逐渐增大，常将核挤到细胞的一边。细胞核内有核仁，其主要功能是进行核糖体RNA的合成。核仁是细胞核内折光率较强的球形体。在细胞前期消失，后期在染色体的核仁组织区重新形成。