1、来源不同：山茱萸为山茱萸科植物山茱萸的成熟果肉，而枸杞子是枸杞的成熟果实。2、外观性状不同：山茱萸呈扁圆球形或近似球形，直径3-5cm，表面红色、紫红色或暗棕色，有稀疏细纵皱纹及凹陷的小窝；顶端稍突起，基部平齐或略残存果梗。内果皮红褐色，薄而脆，种子多数，团聚成短纺锤状。枸杞子呈卵圆形、椭圆形或类圆形颗粒，外表红黄色或橘红色，具有光泽，体轻，质柔润，气微甜，味淡。3、山茱萸是落叶乔木或灌木；树皮灰褐色；小枝细圆柱形，无毛。叶对生，纸质，上面绿色，无毛，下面浅绿色；叶柄细圆柱形，上面有浅沟，下面圆形。伞形花序生于枝侧，总苞片卵形，带紫色；总花梗粗壮，微被灰色短柔毛。