位置不同，广州东站位于广州市天河区东站路1号，是地铁1号线和3号线的换乘站。广州南站位于广州市番禺区石壁街道石壁村，是地铁2号线和7号线的终点站。规模不同，广州东站是一个中等规模的火车站，有11个月台和16条股道。广州南站是一个超大规模的火车站，有28个月台和60条股道。路线不同，广州东站主要承担广梅汕铁路、广深铁路等部分普通列车和发往深圳、香港等方向的动车组列车的作业。广州南站主要承担广佛环线、广珠城轨、广深港高速铁路、武广高速铁路等高铁和城际列车的作业。设施不同，广州东站是一个传统的火车站，设施相对较旧，候车室、售票厅等空间较小。广州南站是一个现代化的火车站，设施相对较新，候车室、售票厅等空间较大，还有商场、餐厅、酒店等配套设施。