一、妨害国境卫生检疫罪的认定。(一)本罪与妨害传染病防治罪的界限。两者存在诸多相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都以违反有关行规的规定为前提，都有引起传染病传播或有传播严重危险的后果，犯罪主体均为一般主体，主观方面皆出自过失，等等。两罪的主要区别在于。(1)犯罪的直接客体不同。前者侵犯的主要是国境卫生检疫的管理制度；而后者侵犯的是国家关于传染病防治的管理制度。(2)违反的行规不同。前者违反的是国境卫生检疫法的有关规定；后者违反的是传染病防治法的有关规定。(3)危害结果不同。前者引起了鼠疫、霍乱、黄热病、艾滋病等检疫传染病传播或者有传播严重危险；后者则是引起了鼠疫、霍乱等甲类传染病的传播或者有传播严重危险。(二)妨害国境卫生检疫罪与传染病防治失职罪的界限。