扣缴义务人申报主要是指一些以工资薪金收入为主要收入来源的工作者，可以有扣缴义务人，也就是用人单位，进行预扣预缴。扣缴义务人正常来讲，都是统一用5000元的个人所得税纳税起征点进行计税。不会掌握我们专项附加扣除申报的个人信息，这也是从个人信息保密的角度出发的。我们选择了由扣缴义务人申报，那么扣缴义务人就可以得知我们专项附加扣除的信息了。而且在申报时，需要事先下载个人提报的专项附加扣除信息。综合年度自行申报则是每个月企业发放工资时一切正常缴税，以后在第二年由经营者自己前去税务部门申请办理个税专项额外扣减，再由税务部门进行退税、这种方式适用于那些有多重收入来源，或者希望自行管理税收的纳税人、扣缴义务人申报的方式比较适合单一收入源，并且希望由单位代为处理的纳税人。