应该计入管理费用科目。企业在现金清查中发现现金短缺，无法查明原因，经批准后应计入的会计科目是管理费用，理费用是指企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各种费用。管理费用属于期间费用，在发生的当期就计入当期的损失或是利益，企业应通过“管理费用”科目，核算管理费用的发生和结转情况，该科目借方登记企业发生的各项管理费用，贷方登记期末转入“本年利润”科目的管理费用，结转后该科目应无余额，该科目按管理费用的费用项目进行明细核算。