高新技术企业办理流程如下：1、网上申请。在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。2、网上申请通过以后，企业要向地方科技局提交相关申请的书面材料。3、认定机构收到企业申请材料后，组织不少于五名专家进行评审。4、对申请企业申报材料进行综合审查，确定认定高新技术企业名单。5、经认定报备的企业名单，经过公示10个工作日。无异议的，予以备案，认定时间以公示时间为准，核发证书编号。6、由认定机构向企业颁发统一印制的高新技术企业证书。法律依据。《高新技术企业认定管理办法》 第十二条 高新技术企业认定程序如下：（一）企业申请。企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。